Direktorat Jenderal Penguatan Riset dan Pengembangan terdiri atas (Pasal 341):
a. Sekretariat Direktorat Jenderal: Ir. Prakoso,MM
b. Direktorat Sistem Riset dan Pengembangan: Ir. Ira Nurhayati Djarot, M.Sc, Ph.D
c. Direktorat Riset dan Pengabdian Masyarakat: Prof. Dr. Ocky Karna Radjasa, M.Sc
d. Direktorat Pengembangan Teknologi Industri: Dr.Eng. Hotmatua Daulay, M.Eng, B.Eng
e. Direktorat Pengelolaan Kekayaan Intelektual: Dr. Sadjuga, M.Sc
Sekretariat Direktorat Jenderal Penguatan Riset dan Pengembangan terdiri atas (Pasal 345):
a. Bagian Perencanaan dan Penganggaran: Drs. Endang Taryono
b. Bagian Hukum, Kerja Sama, dan Layanan Informasi: Syarif Hidayat, SH. MH.
c. Bagian Umum: Ir. Pancoro Sutanto
d. Kelompok Jabatan Fungsional.